Su desarrollo histórico está vinculado a los procesos de expansión educativa en el país, especialmente en lo que respecta a la formación docente y la descentralización del sistema educativo.

Los antecedentes del CREE se remontan al año 1915, cuando se inicia la formación docente en la ciudad de Encarnación mediante la creación de espacios educativos destinados a la capacitación de maestros. En este contexto, la Escuela Normal Regional desempeñó un rol fundamental, ya que tenía como objetivo principal la preparación de educadores capacitados para atender las necesidades del sistema educativo nacional. Esta etapa inicial sentó las bases para el posterior desarrollo institucional.

La creación formal del CREE se establece a través del Decreto N.º 10178, emitido el 22 de marzo de 1965, en el marco de una política estatal orientada a fortalecer la educación en el interior del país. La infraestructura de la institución fue construida entre los años 1964 y 1965, iniciando oficialmente sus actividades académicas en 1966. Desde sus inicios, el CREE se concibió como una institución integral que reunía distintos niveles educativos en un mismo espacio, lo que representó una innovación en el sistema educativo paraguayo.

En 1967, la institución adoptó el nombre de "General Patricio Escobar", en homenaje a una figura destacada de la historia nacional, reforzando así su identidad institucional. Este cambio se dio en un contexto de conmemoración histórica nacional, lo que contribuyó a fortalecer el sentido de pertenencia y reconocimiento de la comunidad educativa.

A lo largo de las décadas, el CREE ha experimentado un crecimiento sostenido tanto en infraestructura como en matrícula estudiantil. La institución ha ampliado progresivamente su oferta académica, incorporando niveles de educación inicial, educación escolar básica, bachilleratos en diversas modalidades y programas de formación docente. En 1974, se implementó el sistema de formación docente posbachillerato, con una duración de dos años, lo que permitió mejorar la calidad de la preparación de los futuros educadores.

Asimismo, el CREE se consolidó como un centro de referencia regional, no solo por su tamaño, sino también por la diversidad de oportunidades educativas que ofrece. En este sentido, ha contribuido a la formación de profesionales en distintas áreas del conocimiento, tales como educación, ingeniería, arquitectura y otras disciplinas, cuyos egresados han tenido un impacto significativo en el desarrollo social y económico de la región.

Otro aspecto relevante es su función como institución integradora, ya que reúne en un mismo espacio a estudiantes de distintos niveles educativos, promoviendo una formación continua y articulada. Esta característica responde al modelo de los Centros Regionales de Educación, creados con el objetivo de descentralizar la educación y acercar oportunidades de calidad a las distintas regiones del país.

En la actualidad, el CREE continúa siendo una institución emblemática en la ciudad de Encarnación, destacándose por su compromiso con la calidad educativa, la innovación pedagógica y la formación integral de sus estudiantes. Su trayectoria histórica evidencia una constante adaptación a los cambios sociales y educativos, consolidándose como un pilar fundamental en el sistema educativo paraguayo.